سارا کريگان,دختري که به خاطر توانايي فوق العاده ذهنيش در کودکي به طور ناخواسته باعث مرگ مادرش شد و آسيبهاي مغزي جدي به پدرش وارد کرد,نظر ماموران کنفدراسيون را به خود جلب کرد که وي را وارد برنامه Ghost کرده و از او ابر سربازي با نيروهاي ذهني بسازند.او پس از گذراندن هشت سال اجباري تبديل به قدرتمندترين نيروي Ghost موجود شد تا جايي که مامورين کنفدراسيون مجبور شدند که سيستم درجه بندي سربازان را به خاطر توانايي بالاي سارا کامل تغيير بدهند.
در طول آموزش استاد سارا فردي به نام ستوان Rumm بود که نفرت شديد سارا را نسبت خود برانگيخته بود.تلاش Rumm بر اين بود که با نشان دادن سارا به عنوان يک رواني به مافوق هايش ديد سارا را به مساله خير و شر عوض کند.در اين بين قدرتهاي سارا که هر روز به طور شگفتي قوي تر ميشد باعث ترس مسئولان کنفدراسيون شد تا اينکه آنها بالاخره تصميم گرفتند که با تزريقي ماده اي به نام Neuro-adjuster به وي,او را مطيع خود کنند.اما Rumm که ميدانست اين ماده قدرتهاي ذهني را تا حد زيادي کاهش ميدهد وگاهي حتي باعث مرگ مي شود با اين کار مخالفت مي کند.در عوض براي مطيع ساختن سارا او را به آزمايشگاهي ميبرد که پدر آسيب ديده وي را در آنجا زنداني کرده اند.با نشان دادن پدرش به وي ميگويند چاره اي جز وفاداري کامل به آنها ندارد اما سارا که حقيقت کثيف کنفدراسيون را ديده است مي گويد حاضر است خود و پدرش را بکشد اما به ابزاري در دستان آنها تبديل نشود.Rumm که مقاومت شديد سارا را مشاهده ميکند چاره اي نميبيند جز اينکه Neuro-adjuster را به وي تزريق کند.پس از تقلاي شديد سارا با تزريق اين ماده وي بي هوش روي زمين افتاده و توسط ماموران کنفدراسيون برده ميشود.
پس از آن اتفاق سارا تحت تاثير دارو و درمانش به دختري منزوي و درونگرا تبديل ميشود که Rumm هيچ نوع شکنجه و عذاب ذهني را از او دريغ نميکند.
پس از پايان يافتن تمرينات و آموزشهاي سارا وي به عنوان يکي از مامورهاي اصلي به عنوان Ghost شماره 24 انتخاب ميشود و ماموريتها و قتلهاي زيادي براي کنفدراسيون انجام مي دهد از جمله قتل Angus Mengsk رهبر گروه شورشي پسران کورهال.پس از آن سارا در ماموريتي براي بررسي زرگها در Vyctor 5 راهي ميشود,در طي اين ماموريت نيروهاي کنفدراسيون متوجه ميشوند که زرگها به سمت Psi سربازان گوست جذب ميشوند و به آن واکنش نشان ميدهند.
همزمان رهبر جديد پسران کورهال يعني آرکتوروس منگسک از حضور کريگان در آن مکان آگاه ميشود و تصميم ميگرد به آنجا حمله کرده و سارا را بدزدد.اما در طي جرياناتي در ماموريت سارا اتفاق مي افتد تمامي همراهان وي کشته ميشوند و سارا بي هوش ميشود و در آن هنگام منگسک و سربازانش از راه ميرسند تا تمامي مدارک آن مقر را به همراه سارا به پايگاه اصلي خود يعني کشتي فضايي اي به نام Hyperion ببرند.پس از آن Neuro-adjuster را از بدن وي خارج مي کنند تا وفاداري اجباري وي به کنفدراسيون از بين برود و با نفرت سارا,تبديل به ماموري براي شورشيان کورهال شود.
با بيدار شدن سارا در سفينه,وي با استقبال گرم شخص منگسک و فردي به نام Somo Hung مواجه ميشود.هرچند سارا با تواناييهايش متوجه دشمني دروني منگسک نسبت به خود ميشود اما منگسک به او ميگويد که حالا وي جزيي از آنهاست و اجازه دسترسي کامل به تمام نقاط کشتي را دارد.
پس از آن کريگان به يکي از ماموران اصلي پسران کورهال براي مقابله با کنفدراسيون تبديل ميشود.با سپري شدن زمان رابطه بين سارا و Hung قويتر ميشود و آنها بيشتر به هم نزديک ميشوند.سارا که هنوز اعتماد کامل به منگسک را نداشته با مافوق خود ستوان Rimes درگير ميشود که با ميانجي گري Hung مساله خاتمه ميابد.
پس از آن منگسک تصميم ميگرد حمله عظيمي را بر عليه کنفدراسيون آغاز کند که هدف اصلي اين حمله آکادمي آموزش نيروهاي Ghost هست.منگسک فرماندهي حمله مستقيم را به Rimes ميسپارد و سارا را توسط تيمي مخفي به طور جداگانه مسئول نفوذ به آکادمي ميکند.در ميانه نبرد Hung که به Rimes مشکوک شده بود وي را زير نظر ميگيرد و متوجه مي شود که وي هنوز وفادار به کنفدراسيون ميباشد و جاسوسي در ميان شورشيان بوده و حالا قصد آگاه کردن آکادمي از نفوذ سارا و همراهانش را دارد.پس از آن Hung به Rimes حمله ميکند و پس از کور کردن وي موفق ميشود او را بکشد اما خود نيز به طور دردناکي مجروح ميشود.پس از آن Hung که ميداند با خيانت Rimes وضع سارا و ديگران در آکادمي وخيم است به کمک آنها ميرود و در ميابد که تمامي آنها توسط نيروهاي Ghost محاصره شدند.Hung موفق ميشود با باز کردن درهاي مکاني که سارا و باقي افراد گرفتار شدند راهي براي فرار آنها باز کند.پس از آن وي نيز به آنها ميپيوندد اما ناگهان در مقابل چشمان سارا توسط رهبر نيروهاي Ghost يعني ارشد قديمي سارا Rumm کشته ميشود.Hung در آخرين لحظات زندگيش ميخواهد احساساتش به سارا را به وي بگويد اما Rumm به او امان نميدهد و کار وي را ميسازد.در آن هنگام سارا با خشم شديدي به سمت Rumm يورش ميبرد و وي را به طرز فجيعي مي کشد.
پس از آن اتفاقات تمامي نيروهاي شورشي به همراه سارا که چندان در عملياتشان موفق نبودند تنها با چند اسير از نيروهاي Ghost به کشتي باز ميگردند.
با گذشت زمان باور سارا به پسران کورهال بيشتر ميشد و کم کم خودش را جزيي از آنها ميديد.مبارزه آنها رفته رفته عليه کنفدراسيون عميق تر ميشد اما مشکل ديگري نيز بوجود آمده بود.تهديد زرگها حالا ديگر حالتي کاملا جدي به خود گرفته بود و علاوه بر آن حضور گونه اي ديگر به نام پروتاس نيز کشف شده بود.اکنون نارضايتي مردم از کنفدراسيون بسيار زياد شده بود و کار براي پسران کورهال راحتتر.
خبرهايي از نارضايتي عميق مردم Antiga Prime به گوش سارا و منگسک رسيده بود,به همين علت آنها موقعيت را مناسب ديدند که شورشي را در آنجا بر عليه کنفدراسيون آغاز کنند.براي همين سارا به محل اعزام ميشود اما نيروهاي کنفدراسيون تحت امر General Duke و سربازان ويژه اش در آنجا حضور دارند تا با هرگونه شورش احتمالي به شدت برخورد کنند.سارا که کار خود را دشوار ميبيند به جستجوي راه حلي ميگردد تا اينکه با يکي از مارشالهاي قديمي به نام جميز رينور بر ميخورد که بعد از اينکه توسط کنفدراسيون طرد شده به شورشيان پيوسته و دشمني شخصي و عميقي با General Duke دارد.اما در همان برخورد اول سارا متوجه ميشود که اين مرد حتي به پسران کورهال هم اعتماد ندارد و از سر ناچاري به آنها پيوسته است.به هر حال با کمک جيمز رينور و محليهاي تحت فرمان وي سارا موفق ميشود به مقر فرماندهي کنفدراسيون حمله کرده و آنجا را به شورشيان در آورد.اما طولي نميکشد که سارا و جميز رينور خود را زير آتش سنگين نيروهاي Duke ميبينند اما ناگهان در اتفاقي عجيب battlecruiser شخصي Duke به نام Norad II در آسمان Antiga Prime توسط زرگها که به طور ناگهاني پيدا شدند مورد حمله قرار ميگيرد.Duke درخواست کمک ميکند و با ناباوري سارا,منگسک دستور کمک به Duke و نجات وي را مي دهد.نيروهاي شورشي Duke را نجات مي دهند و با خود به نزد منگسک ميبرند.
اما اين نجات بهاي سنگيني براي منگسک و زيردستانش دارد,مرکر فرماندهي Antiga Prime که موقتا در دستان شورشيان قرار گرفته بود زير آتش سنگين نيروهاي ويژه دوام نياورده و مجددا در دستان کنفدراسيون قرار ميگيرد.منگسک که موقعيت را دشوار ميبينند جلسه اي با تمام زيردستانش برگذار ميکند تا راه چاره اي بينديشند.آنها راه حلي خطرناک اما موثر ميابند.در طي مبارزه عليه کنفدراسيون شورشيان از اين موضوع آگاه شده بودند که زرگها به Psi نيروهاي Ghost جذب مي شوند.لذا تصميم ميگيرند Psi emitter را که در طي يکي از نفوذهاي گذشته از کنفدراسيون دزديده اند در مقر اصلي قرار دهند و با فعال کردن آن زرگها را به آن مکان بکشانند تا از پس نيروهاي ويژه بر آيند.سارا که باور دارد اين حرکتي غير انساني هست و هيچکس سزاوار اين سرنوشت نيست به مخالفت ميپردازد.اما منگسک توجه اي نميکند و به سارا ميگويد گذشته ي تو باعث همچين تفکرات و صحبتهايي شده.به هرحال سارا با نارضايتي با فردي به نام Liberty مامور ميشوند تا دستگاه را در محل مناسب قرار دهند.پس از درگيريهاي بسيار موفق به رسيدن به محل مورد نظر ميشوند و با فعال کردن Psi emitter به سرعت از محل ميگريزند.سارا به منگسک هشدار ميدهد که ديگر هرگز اين عمل را تکرار نميکنند اما در جواب ميشنود که وي حاضر به انجام هرکاري براي نجات بشريت است.
پس از برگشتن به Hyperion سارا مشاهده ميکند که جميز رينور نيز به کشتي وارد شده و در آنجا حضور دارد,جميز که ديده بود سارا با صراحت در مقابل دستور منگسک مخالفت کرده از وي دعوت ميکند تا قهوه اي با هم خورده و در مورد منگسک صحبت کنند.به مرور زمان و با آشنا شدن با يکديگر به سرعت آن خصومت ابتدايي بينشان پاک شده و جميز که هميشه مردي تنها و منزوی بوده به سرعت به سمت سارا جذب میشود و به او علاقه مند میشود و از آن طرف نیز سارا که تا بحال مزه ی عشق و دوست داشتن را نچشیده بود به جیمز اجازه میدهد به او نزدیک شود و رابطه دو طرفه ای بین آنها شکل میگیرد.منگسک که کم کم متوجه علاقه بین آن دو شده بود و میداند چه تیم فوقال عاده ای با هم تشکیل خواهند داد در اکثر ماموریتها آن دو را با هم اعزام میکرد که تقریبا همیشه نتیجه شگفت انگیز و بالاتر از انتظاری نیز میگیرفت.
یکی از ماموریتهای آن دو نفوذ به Science Facility در Orna III بود که با نقشه هوشمندانه و پر ریسک آن دو ماموریت موفقیت آمیز به اتمام میرسد.قرار می شود سارا نقش یکی از نیروهای Ghost کنفدراسیون را بازی کند که جیمز رینور یاغی را در همین حوالی دستگیر کرده و برای تحویل به آنجا آورده است.این حقه کارساز میشود و با رفتن به داخل ساختمان آن دو با همکاری هم سوژه های مورد آزمایش آنجا را نجات میدهند و از پس دکترهای فاسد و مزدوران کنفدراسیون بر می آیند.بعد از اتمام ماموریت جیمز به سارا پیشنهاد اولین قرار عاشقانه رسمی (Date) را میدهد و سارا هم میپذیرد.آن دو بعد از لحظات فوق العاده ای که با هم میگذرانند احساسات اصلی و درونی خود را به هم بیان میکنند و رابطه آنها وارد مرحله جدیدی میشود.آنها شب را در کنار هم سپری میکنند و سارا که در آغوش جیمی قرار داشت وی را مجبور میکند که قول بدهد اگر زمانی تاریکی و شر وجودش او را فرا گرفت جیمی باید جلوی او را به هر نحوی بگیرد.
زمان میگذشت و با گذر آن رفته رفته قدرت پسران کورهال افزایش پیدا میکرد و رابطه بین سارا و جیمی عمیق تر میشد.اما جیمی نه تنها هنوز منگسک را کاملا باور نداشت بلکه حالا وی را همسطح سران کنفدراسیون میدانست و باور داشت که در صورت به قدرت رسیدن وی او نیز مانند کنفدراسیون عمل خواهد کرد.اما نظر سارا به گونه ای دیگر بود,او همواره به جیمز میگفت که شاید گاهی زیاده رویهایی توسط منگسک انجام شود اما او همیشه بهترین امید ترانها خواهد بود و باور داشت با به قدرت رسیدن منگسک آینده بهتری رقم خواهد خورد.
حال دیگر زمان زدن ضربه اساسی به کنفدراسیون بود که یک بار و برای همیشه از شرش خلاص شوند,منگسک و تمامی زیر دستانش دور هم جمع شده بودند تا نقشه حمله اصلی و نهایی به پایتخت کنفدراسیون یعنی Tarsonis را طرح ریزی کنند.Duke در این میان پیشنهاد خطرناک اما کارسازی میدهد,او میگوید تیم اصلی باید مسئول حمله به Space Platform مرکزی شود تا تیمی کوچک که شامل سارا و رینور و Liberty میشود به آسانی به سطح تارسوناس برسند.اما این قسمت از نقشه وی همگان را مخصوصا سارا و جیمز را شگفت زده میکند.او ادامه میدهد تنها راه نابودی کنفدراسیون و غلبه کامل بر آن استفاده از زرگهاست یعنی همان ترفندی که برای از بین بردن نیروهای ویژه در Antiga Prime به کار برده اند اما در ابعاد وسیعتر و تیم سارا مسئول قرار دادن Psi Emitters شوند.