سارا کريگان,دختري که به خاطر توانايي فوق العاده ذهنيش در کودکي به طور ناخواسته باعث مرگ مادرش شد و آسيبهاي مغزي جدي به پدرش وارد کرد,نظر ماموران کنفدراسيون را به خود جلب کرد که وي را وارد برنامه Ghost کرده و از او ابر سربازي با نيروهاي ذهني بسازند.او پس از گذراندن هشت سال اجباري تبديل به قدرتمندترين نيروي Ghost موجود شد تا جايي که مامورين کنفدراسيون مجبور شدند که سيستم درجه بندي سربازان را به خاطر توانايي بالاي سارا کامل تغيير بدهند.
در طول آموزش استاد سارا فردي به نام ستوان Rumm بود که نفرت شديد سارا را نسبت خود برانگيخته بود.تلاش Rumm بر اين بود که با نشان دادن سارا به عنوان يک رواني به مافوق هايش ديد سارا را به مساله خير و شر عوض کند.در اين بين قدرتهاي سارا که هر روز به طور شگفتي قوي تر ميشد باعث ترس مسئولان کنفدراسيون شد تا اينکه آنها بالاخره تصميم گرفتند که با تزريقي ماده اي به نام Neuro-adjuster به وي,او را مطيع خود کنند.اما Rumm که ميدانست اين ماده قدرتهاي ذهني را تا حد زيادي کاهش ميدهد وگاهي حتي باعث مرگ مي شود با اين کار مخالفت مي کند.در عوض براي مطيع ساختن سارا او را به آزمايشگاهي ميبرد که پدر آسيب ديده وي را در آنجا زنداني کرده اند.با نشان دادن پدرش به وي ميگويند چاره اي جز وفاداري کامل به آنها ندارد اما سارا که حقيقت کثيف کنفدراسيون را ديده است مي گويد حاضر است خود و پدرش را بکشد اما به ابزاري در دستان آنها تبديل نشود.Rumm که مقاومت شديد سارا را مشاهده ميکند چاره اي نميبيند جز اينکه Neuro-adjuster را به وي تزريق کند.پس از تقلاي شديد سارا با تزريق اين ماده وي بي هوش روي زمين افتاده و توسط ماموران کنفدراسيون برده ميشود.
پس از آن اتفاق سارا تحت تاثير دارو و درمانش به دختري منزوي و درونگرا تبديل ميشود که Rumm هيچ نوع شکنجه و عذاب ذهني را از او دريغ نميکند.
پس از پايان يافتن تمرينات و آموزشهاي سارا وي به عنوان يکي از مامورهاي اصلي به عنوان Ghost شماره 24 انتخاب ميشود و ماموريتها و قتلهاي زيادي براي کنفدراسيون انجام مي دهد از جمله قتل Angus Mengsk رهبر گروه شورشي پسران کورهال.پس از آن سارا در ماموريتي براي بررسي زرگها در Vyctor 5 راهي ميشود,در طي اين ماموريت نيروهاي کنفدراسيون متوجه ميشوند که زرگها به سمت Psi سربازان گوست جذب ميشوند و به آن واکنش نشان ميدهند.
همزمان رهبر جديد پسران کورهال يعني آرکتوروس منگسک از حضور کريگان در آن مکان آگاه ميشود و تصميم ميگرد به آنجا حمله کرده و سارا را بدزدد.اما در طي جرياناتي در ماموريت سارا اتفاق مي افتد تمامي همراهان وي کشته ميشوند و سارا بي هوش ميشود و در آن هنگام منگسک و سربازانش از راه ميرسند تا تمامي مدارک آن مقر را به همراه سارا به پايگاه اصلي خود يعني کشتي فضايي اي به نام Hyperion ببرند.پس از آن Neuro-adjuster را از بدن وي خارج مي کنند تا وفاداري اجباري وي به کنفدراسيون از بين برود و با نفرت سارا,تبديل به ماموري براي شورشيان کورهال شود.
با بيدار شدن سارا در سفينه,وي با استقبال گرم شخص منگسک و فردي به نام Somo Hung مواجه ميشود.هرچند سارا با تواناييهايش متوجه دشمني دروني منگسک نسبت به خود ميشود اما منگسک به او ميگويد که حالا وي جزيي از آنهاست و اجازه دسترسي کامل به تمام نقاط کشتي را دارد.
پس از آن کريگان به يکي از ماموران اصلي پسران کورهال براي مقابله با کنفدراسيون تبديل ميشود.با سپري شدن زمان رابطه بين سارا و Hung قويتر ميشود و آنها بيشتر به هم نزديک ميشوند.سارا که هنوز اعتماد کامل به منگسک را نداشته با مافوق خود ستوان Rimes درگير ميشود که با ميانجي گري Hung مساله خاتمه ميابد.
پس از آن منگسک تصميم ميگرد حمله عظيمي را بر عليه کنفدراسيون آغاز کند که هدف اصلي اين حمله آکادمي آموزش نيروهاي Ghost هست.منگسک فرماندهي حمله مستقيم را به Rimes ميسپارد و سارا را توسط تيمي مخفي به طور جداگانه مسئول نفوذ به آکادمي ميکند.در ميانه نبرد Hung که به Rimes مشکوک شده بود وي را زير نظر ميگيرد و متوجه مي شود که وي هنوز وفادار به کنفدراسيون ميباشد و جاسوسي در ميان شورشيان بوده و حالا قصد آگاه کردن آکادمي از نفوذ سارا و همراهانش را دارد.پس از آن Hung به Rimes حمله ميکند و پس از کور کردن وي موفق ميشود او را بکشد اما خود نيز به طور دردناکي مجروح ميشود.پس از آن Hung که ميداند با خيانت Rimes وضع سارا و ديگران در آکادمي وخيم است به کمک آنها ميرود و در ميابد که تمامي آنها توسط نيروهاي Ghost محاصره شدند.Hung موفق ميشود با باز کردن درهاي مکاني که سارا و باقي افراد گرفتار شدند راهي براي فرار آنها باز کند.پس از آن وي نيز به آنها ميپيوندد اما ناگهان در مقابل چشمان سارا توسط رهبر نيروهاي Ghost يعني ارشد قديمي سارا Rumm کشته ميشود.Hung در آخرين لحظات زندگيش ميخواهد احساساتش به سارا را به وي بگويد اما Rumm به او امان نميدهد و کار وي را ميسازد.در آن هنگام سارا با خشم شديدي به سمت Rumm يورش ميبرد و وي را به طرز فجيعي مي کشد.
پس از آن اتفاقات تمامي نيروهاي شورشي به همراه سارا که چندان در عملياتشان موفق نبودند تنها با چند اسير از نيروهاي Ghost به کشتي باز ميگردند.